Systembolagets organisation är processinriktad. Ansvaret för huvudprocessen ligger hos verksamhetsområde Försäljning och verksamhetsområde Varuförsörjning.

Verksamhetsområde Varuförsörjning ansvarar för utvecklingen av sortimentet samt varuförsörjningen från leverantör till butikshylla och kund.

Verksamhetsområde Försäljning ansvarar för driften och försäljningen i butikerna. Systembolagets 418 butiker är organiserade i 27 områden med 10 till 17 butiker i varje område. Varje område har en områdeschef som svarar för den dagliga kontakten mellan sina butikschefer och Systembolagets huvudkontor.

De centrala avdelningarna är stödenheter till huvudprocessen med ansvar för utveckling och förvaltning av butiksnätet och it-systemen, kommunikation, rekrytering och utveckling av medarbetare, juridik samt ekonomiflöden. Vd och företagsledning ansvarar för ledningsprocessen.